Je prav samo OZN-a ali tudi OZN-ja? Pravopis navaja samo OZN-a.

Brez skrbi, pravopis ima prav. Pravilno je OZN-a ali brez končnic pri sklanjanju, OZN-ja pa ni pravilno oz. ni knjižno. Črke imajo namreč svoje glasove in jih tako tudi beremo, torej: ozeen in ozeena; knjižno jih namreč ne beremo: ozn in oznja.

Zakaj pa je potem prav SMS-a in SMS-ja?

Zato ker črki S in M lahko izgovorimo na dva načina, recimo S:
s [ès in sǝ̀]
torej esemes-a ali semese-ja